Pada bulan Agustus 2002 terjadi sebuah diskusi kecil tentang anak berkebutuhan khusus, ide mendirikan sekolah luar biasa (SLB). Masih banyak kecamatan yang belum terdapat SLB. Dari beberapa pertimbangan, salah satunya karena terdapat kenalan dan relasi maka dipilihlah kecamatan Pundong untuk mendirikan SLB.
Pada akhir bulan Agustus 2002, terjadi musyawarah di rumah Bapak Rejo Kirono, dan yang hadir di antaranya adalah Bu Eni, Bu Ruda, Pak Rejo, Bu Putri dan perangkat desa dengan merumuskan agenda untuk mencari data anak berkebutuhan khusus di kelurahan Srihardono, Panjangrejo dan sekitarnya.
Tanggal 32 Agustus 2002 diadakan musyawarah pendirian yayasan yang dihadiri oleh lurah dan kesra kelurahan Panjangrejo, lurah dan kesra kelurahan Srihardono, seluruh kepala dusun dari kelurahan Panjangrejo dan Srihardono. Dari musyawarah tersebut menghasilkan tersusunnya pengurus Yayasan Widya Mulia periode 2002-2005 (terlampir dan tersusunnya AD-ART yayasantertanggal 31 Oktober 2002.
Pada tanggal 14 November 2002 YPLB(Yayasan Pendidikan Luar Biasa) Widya Mulia mulai berakta notaris dengan akta pendirian yayasn No. 002 tanggal 14 November 2002 dengan notaris Siti Nurhanifah, S.H.
Pada tanggal 15 November 2002 YPLB Widya Mulia mulai melaksanakan program membuka SLB dengan nama SLB Widya Mulia. Pada awalnya SLB Widya Mulia menempati gedung SD Sayegan II yang telah d regroup dengan SD Sayegan I selama dua hari. Setelah itu pindah menempati gedung SD Baran II yang juga telah diregroup dengan SD Baran I. Gedung SD Baran II telah kosong, dan mendapat izin dari kelurahan Srihardono untuk digunakan sebagai kegiatan belajar mengajar SLB Widya Mulia Pundong. Pada mulanya siswa berjumlah 17 anak dan belajar di waktu sore hari pada jam 13.00-16.00. pada saat itu jumlah tenaga pengajarnya terdiri dari enam orang, yaitu:
Bapak Rejo Kirono, S. Pd
Ibu Putri Bensu, S.Pd
Ibu Eni Dwi Miharsi
Bapak Margiyono
Ibu Sutiyem
Ibu Siti Rudaningsih, S.Pd
Pada waktu itu masih terdapat bapak ibu guru mengajar di sekolah lain pada waktu pagi hari, jadi proses KBM dilaksanakan pada waktu siang hari dengan dibuat jadwal mengajar dan Proses KBM dilaksanakan dengan menggunakan perlengkapan seadanya seperti duduk dilantai dengan menggunakan tikar.
Sejak tanggal 2 Januari 2003 terus diadakan sosialisasi adanya SLB Widya Mulia sehingga jumlah siswa terus bertambah hingga berjumlah 25 anak dan jumlah guru juga bertambah 2 orang, yaitu Ibu Boniyati dan Bapak Sartono.
Pada tanggal 17 Februari 2003 proses KBM mulai dilaksanakan pada waktu pagi harridan telah mendapat bantuan meja dan kursi panjang dari keluarahan Srihardono. Pada tanggal 10 Juni 2003 SLB Widya Mulia telah mendapatkan izin oprasional dari Gubernur dengan No. 19/I 2 /2003 tentang pemberian izin oprasional bagi SLB Widya Mulia yang terletak di Desa Baran SRihardono Pundong Bantul.
Pada tanggal 16 Juni 2004 YPLB Widya Mulia telah mendapatkan izin oprasional ORSOS dari Dinas Sosial Provinsi dengan Nomor: 467/ 826 tentang izin oprasional organisasi sisial atau LSM-UKS YPLB “Widya Mulia” tertanggal 16 Juni 2004. Pada tanggal 16 Juni 2006 memperoleh hasil akreditasi dengan nilai B.
Tanggal 21 April 2008 YPLB Widya Mulia berganti nama dengan Lembaga Pendidikan dengan akta notaries No. 025 tertanggal 21 April 2008 bernama: Lembaga Pendidikan dan Kesejahteraan Sosial (LPKS) “Widya Mulia”.
Pada tanggal 5 November 2009 kepala SLB Widya Mulia dijabat oleh Drs. Supriyadi karena Bapak Rejo Kirono, M.Pd dimutasi ke SLB Pembina Yogyakarta. Pada tanggal, 30 November 2016 memasuki masa purna tugas dan belum ada kepala sekolah definitif, maka pejabat kepala sekolah dijabat oleh Sampara, M. Pd sampai dengan 31 Maret 2018 dan Pada tanggal 1 April 2018 berdasarkan Surat Keputusan Kepala Dinas Dikpora DIY telah ditetapkan Dra. Tri Iriani, M. Pd sebagai kepala sekolah definitif Sampai dengan 4 Januari 2019. Berdasarkan Surat Keputusan Ketua Yayasan SLB Widya Mulia telah ditetapkan Dr. Rejo Kirono, M.Pd Sebagai Kepala Sekolah. Pada tanggal 13 Februari 2019 bapak Dr. Rejo Kirono,M.Pd mengundurkan diri dari jabatan kepala sekolah dikarenakan diangkat sebagai Pembina Yayasan SLB Widya Mulia. Menindaklanjuti keputusan tersebut bapak Sritopo selaku ketua yayasan mengangkat bapak Sartono, S.Pd sebagai kepala sekolah SLB Widya Mulia.
Pada tanggal 1 April 2022 terjadi pergantian kepala sekolah. Ibu Rinda Puspita Dewi, S.Pd diangkat menjadi Kepala SLB Widya Mulia menggantikan Bapak Sartono, S.Pd oleh Bapak Sritopo selaku Ketua Yayasan Widya Mulia.
